Zlecenie 12368230 - Przeprowadzenie analizy metagenomicznej wymazów z jamy...

barkoding regionu V3-V4 genu 16S z podstawową analizą bioinformatyczną: klasyfikacja taksonomiczna bakterii do poziomu rodzaju/gatunku oraz transfer elektroniczny danych. Sekwencjonowanie w trybie sparowanych końców w dwóch odczytach po 300 zasad. Spodziewana minimalna liczba par odczytów na próbkę wynosi 50 000.
Szczegóły usługi
1. Izolacja DNA
2. Przygotowanie bibliotek metodą dwustopniowego PCR (amplifikacja regionów badanych z dołączeniem sekwencji adaptowanych, indeksowanie)
3. Sekwencjonowanie z wykorzystaniem urządzenia MSeq w trybie sparowanych końcóww dróch odczytach po 300 zasad. Spodziewana minimalna liczba par odczytów na próbkę wynosi 50 000.
4. Podstawowa analiza bioinformatyczna obejmująca filtrowanie odczytów, klasyfikację do poziomu gatunku w oparciu o bazę danych sekwencji referencyjnych SLVA oraz tabele procentowego udziału poszczególnych bakterii w próbce.
Czas realizacji każdego zamówienia do 10 tygodni od momentu pozytywnego przejścia kontroli ilościowej przez wszystkie próbki. Kwota przeznaczona na realizację zamówienia: 71810 zł.
Opis przedmiotu zamówienia nie podlega interpretacji. Jeśli opis przedmiotu zamówienia jest zdaniem Wykonawcy niejasny, niepełny, nieprecyzyjny lub błędny, to Wykonawca ma obowiązek zadać pytanie przed złożeniem oferty.