Zlecenie 12589566 - Usługa sekwencjonowania transkryptomów metodą NGS z...

na dwie Części (I-II) dla 144 prób (72 próby w 2026 roku i 72 próby w 2027 roku):
Część I
Usługa polegająca na wykonaniu sekwencjonowania transkryptomów (lncRNA & mRNA) metodą NGS z zastosowaniem technologii Illuminy. Zakres przedmiotu zamówienia obejmuje:
a) kontrolę jakości próbek RNA izolowanych z materiału roślinnego,
b) przygotowanie biblioteki typu stranded z insertem 250 300bp wraz z etapem rybodeplecji,
c) sekwencjonowanie w technologii Illumina NovaSeq X plus 25B PE150 (Q30≥85% lub więcej), minimum 40M odczytów sparowanych,
d) wygenerowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek
e) kontrolę jakości wygenerowanych danych poprzez filtrowanie odczytów o niskiej jakości i zawierających sekwencje adaptorowe; wyniki jakościowe uzyskanych odczytów Q20, Q30, rozkład wskaźnika błędu, dystrybucja par GC, wszystkie zasady,
f) zamówienie zostanie wykonane w laboratorium Wykonawcy zlokalizowanym w Europie bez powierzania poszczególnych etapów usługi podwykonawcom,
g) udostępnianie surowych danych w formacie FASTQ poprzez odpowiednio szybki serwer internetowy.
Część II
Usługa polegająca na wykonaniu sekwencjonowania smallRNA (sRNA-seq) w zakresie 18-40bp metodą NGS z zastosowaniem technologii Illuminy. Zakres przedmiotu zamówienia obejmuje:
a) kontrolę jakości próbek RNA izolowanych z materiału roślinnego,
b) przygotowanie biblioteki sRNA z insertem 18-40bp przy użyciu zestawu NEB Next® Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina®
c) sekwencjonowanie sRNA w technologii Illumina NovaSeq X plus SE50 (Q30≥85% lub więcej), minimum 20M odczytów na bibliotekę,
d) wygenerowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek
e) dane zostaną poddane kontroli jakości wygenerowanych danych, która obejmować będzie filtrowanie odczytów o niskiej jakości i zawierających sekwencje adaptorowe; wyniki jakościowe uzyskanych odczytów Q20, Q30, rozkład wskaźnika błędu, dystrybucja par GC, wszystkie zasady,
h) zamówienie zostanie wykonane w laboratorium Wykonawcy zlokalizowanym w Europie bez powierzania poszczególnych etapów usługi podwykonawcom,
f) udostępnianie surowych danych w formacie FASTQ poprzez odpowiednio szybki serwer internetowy.
2) Zamawiający zakłada dostarczenie próbek RNA jednorazowo dla Części I i II 72 próby w 2026 roku oraz jednorazowo dla Części I i II 72 próby w 2027 roku.
3) Gwarancja: re-sekwencjonowanie w przypadku błędnych odczytów.