Przetarg 12592422 - Usługa sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskanie...

10x.
Opis przedmiotu zamówienia:
Przedmiotem zamówienia jest wykonanie usługi sekwencjonowania nowej generacji (NGS)
i uzyskanie sekwencji całogenomowych w wyniku sekwencjonowania typu whole genome sequencing (WGS) łącznie dla 110 próbek z mapowalnym pokryciem x10. Usługa wykonana zostanie z wykorzystaniem materiału Fagus sylvatica i F. orientalis dostarczonego przez Zamawiającego w postaci 110 prób wyizolowanego genomowego DNA (gDNA).
Zamawiający dokona oceny parametrów jakościowych i ilościowych próbek gDNA (czystości, jakości i stężenia).
Zamawiający planuje wysłanie próbek w jednej transzy, w terminie do 7 dni, licząc od dnia podpisania umowy. Koszty transportu próbek pokrywa Wykonawca. Wymagany jest zwrot niewykorzystanego materiału po zakończeniu sekwencjonowania.
Zakres usługi obejmuje: (1) Omówienie projektu NGS w celu dobrania optymalnej strategii metodycznej oraz wykonanie sekwencjonowania próbnego obejmującego 8 próbek. (2) Kontrola jakości (QC) dostarczonych próbek do sekwencjonowania. (3) Przygotowanie bibliotek
z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego gDNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS przy pomocy platformy Illumina (NovaSeq6000). Biblioteki zostaną przygotowane wyłącznie przy użyciu oryginalnych, licencjonowanych i zweryfikowanych zestawów Illumina (TruSeq DNA PCR-Free). Strona zamawiająca nie dopuszcza użycia odpowiedników i niezwalidowanych zestawów.
(4) Kontrole jakości przygotowanych bibliotek. Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Agilent Bioanalyzer 2100 z chipem DNA 1000. (5) Sekwencjonowanie na platformie NovaSeq6000 z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców
o długości odczytu 2x150bp z głębokim pokryciem x10. Spodziewana średnia liczba odczytów na próbkę powinna wynosić ok. 6.0 Gbp. Poziom zduplikowanych odczytów w zakresie <5%. Jeśli poziom przekroczy 5%, próbka będzie dalej sekwencjonowania, aby dostarczyć określoną ilość danych. Przynajmniej 80% zsekwencjonowanych par zasad powinno mieć odczyt o jakości Qscore>30 lub więcej. (6) Wygenerowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek. (7) Wstępna obróbka informatyczna uzyskanych danych obejmująca demultipleksowanie i przycinanie adapterów, a także zgrupowanie (merging) odczytów. Ponadto Wykonawca przeprowadzi standardową kontrolę jakości danych (jakość i ilość) przed dostarczeniem ich do Zamawiającego. (8) Dostarczenie plików wynikowych w formacie Fastq dla 110 próbek na serwer w chmurze zapewniony przez Zamawiającego. (9) Wsparcie techniczne w trakcie przygotowywania przez Zamawiającego prób do sekwencjonowania oraz bieżące informowanie Zamawiającego o postępach i etapach pracy poprzez regularną komunikację z dedykowanym przez serwis prowadzącym projekt. (10) Zamawiający gwarantuje realizację usługi na poziomie min. 70%.