Przetarg 12398518 - Prace programistyczne dla DTI, BSD-DTI, analiza parametrów...

Przedmiotem Zamówienia jest opracowanie oprogramowania do analizy DTI z uwzględnieniem korekcji BSD, obejmującego:
1. Algorytmy wyznaczania komponentów tensora dyfuzji (DTI)
2. Algorytmy wyznaczania metryk tensora dyfuzji: MD, FA, AD, RD, wartości główne, wektory główne
3. Algorytmy obliczania tensorów filtracyjnych: przewodność, krętość, przepuszczalność
4. Algorytmy traktografii oraz wizualizacji wyników.
Zakres prac obejmuje wykonanie algorytmów o następujących funkcjonalnościach:
Obliczanie parametrów DTI: MD, FA, AD, RD, wartości główne, wektory główne
Traktografia i wizualizacja principal diffusion tracts (PDT)-odpowiednik szlaków neuronalnych dla rdzeni skalnych
Wyznaczanie parametrów filtracji: porowatość, przewodność elektryczna, przepuszczalność, krętość
Obsługa wersji standardowej i BSD-DTI, w tym implementacja rozwiązań wynikających z rodziny patentów BSD, w szczególności GBSD
Obsługa danych MRI 2D i 3D z systemów Agilent i Bruker
Dane wejściowe i wyjściowe dla algorytmów:
Obrazy MRI 2D i 3D pochodzące z systemów Agilent i/lub Bruker
Dane w standardowych formatach DWI/DTI oraz NifTI.
Technologia:
Język programowania: C/C lub Python
Prace programistyczne skupią się na analizie i wizualizacji danych eksperymentalnych zgodnie z koncepcjami Kierownika Projektu i Zespołu Badawczego
Zarys koncepcji Projektu
Algorytmy mają być zgodne z koncepcja opracowaną przez Kierownika Projektu oraz Zespół Badawczy, która oparta jest na analizie i modelowaniu efektywnej dyfuzji w systemach porowatych, z uwzględnieniem rdzeni skalnych, jak opisano w:
1. Krzyżak AT, Mazur W, Fheed A, Weglarz W. Prospects and Challenges for the Spatial Quantification of the Diffusion of Fluids Containing 1H in the Pore System of Rock Cores. Journal of Geophysical Research: Solid Earth 2022; 27(3):1-20; e2021JB023299.
2. Michał Fajt, Grzegorz Machowski, Bartosz Puzio & Artur T. Krzyżak. Modelling effective diffusion for accurate NMR pore size analysis in nano- and microporous rocks. Scientific Reports 15, Article number: 36688 (2025).
Szczegółowe dane i pełne założenia zostaną udostępnione wyłonionemu wykonawcy po podpisaniu umowy.
Ponadto oprogramowanie ma być zgodne z poniższymi patentami, w szczególności z najnowszym rozwiązaniem GBSD.
Patenty BSD do uwzględnienia
BSD-Anizotropowy fantom dyfuzji dla kalibracji MR/DTI
P.385276 (PL, 26.05.2008)
PCT/PL2009/000051, WO/2009/145648 (2009)
US2011074423 (2011)
JP2011520582, JP2014223546 (2011, 2014)
EP09755104.8 (2011)
sBSD-Kalibracja sekwencji obrazowania DMRI w tomografie MR
P.413306 (PL, 30.07.2015)
PCT/EP2016/067964 (2016)
LBSD-Sposób obrazowania w eksperymencie MR
P.437791 (PL, 06.05.2021)
PCT/EP2021/062240 (2021)
GBSD-Korekcja błędów DWI/DTI poprzez rzeczywisty rozkład gradientów pola magnetycznego
P.452451 (PL, 24.06.2025)
PCT/EP2025/067839 (2025)
IV. TERMIN REALIZACJI - Etapy
1. Algorytmy wyznaczania komponentów tensora dyfuzji (DTI)-do 3 miesięcy od podpisania umowy.
2. Algorytmy wyznaczania metryk tensora dyfuzji: MD, FA, AD, RD, wartości główne, wektory główne-do 4 miesięcy od podpisania umowy
3. Algorytmy obliczania tensorów filtracyjnych: przewodność, krętość, przepuszczalność-do 5 miesięcy od podpisania umowy
4. Algorytmy traktografii oraz wizualizacji wyników-do 6 miesięcy od podpisania umowy