Zlecenie 7568728 - Analiza zmian proteomicznych komórek ssaczych traktowanych...

n cells due to the small molecule compounds treatment. LL/26/20

Przedmiotem zamówienia jest przeprowadzenie analizy pozwalającej na identyfikację i określenie relatywnej ilości białek przy użyciu spektrometrii mas LC-MS/MS/MS (LC-MS3) z zastosowaniem znaczników izobarycznych, w komórkach ssaczych traktowanych związkami małocząsteczkowymi.

The subject of the order is to provide a service allowing for protein identification and relative abundance quantification using isobaric mass tags coupled with LC-MS/MS/MS (LC-MS3) in lysates of mammalian cell treated with the small molecule compounds. Cel zamówienia Przeprowadzenie analizy pozwalającej na identyfikację i określenie relatywnej ilości białek przy użyciu spektrometrii mas LC-MS/MS/MS (LC-MS3) z zastosowaniem znaczników izobarycznych, w komórkach ssaczych traktowanych związkami małocząsteczkowymi.

Providing a service allowing for protein identification and relative abundance quantification using isobaric mass tags coupled with LC-MS/MS/MS (LC-MS3) in lysates of mammalian cell treated with the small molecule compounds. Przedmiot zamówienia Przedmiotem zamówienia jest przeprowadzenie globalnej analizy proteomicznej przy użyciu techniki LC-MS3 opartej na Tandem Mass Tag (TMT). Usługa ta obejmować będzie:
- Przygotowanie próbek do analizy: izolacja frakcji białkowej, trawienie trypsyną w roztworze, znakowanie peptydów, przygotowanie próbki multipleksowanej,
- LC-MS3,
- Identyfikację i określenie względnej ilości białek za pomocą programu MaxQuant,
- Analizę porównawczą z użyciem programu Perseus,
- Przygotowanie raportu.
Zamawiający planuje zlecenie maksymalnie dwóch (2) analiz TMT10plex (jednocześnie lub rozłożenie dwóch analiz w czasie tj. druga analiza zlecona do 6 miesięcy od otrzymania wyników pierwszej analizy).
Zamawiający zastrzega sobie prawo do złożenia zamówienia na przeprowadzenie tylko jednej (1) analizy TMT10plex.

Koszt usługi obejmuje wszystkie koszty związane z wykonaniem usługi będącej przedmiotem zamówienia, w tym koszty odczynników, materiałów zużywalnych, sprzętu, wynagrodzeń, dostaw, opracowania raportów, przeniesienia na Zamawiającego majątkowych praw autorskich do wyników zrealizowanych badań, zezwoleń/ pozwoleń wymaganych do realizacji usługi.

The subject of the order is to provide a Tandem Mass Tag (TMT)-based LC-MS3 global proteomic analysis that will include:
- Sample preparation: protein extraction, trypsin digestion in solution, peptide labelling, pooling to a single multiplexed sample,
- LC-MS3,
- Protein identification and quantitation with MaxQuant,
- Differential analysis with Perseus,
- Report generation.
The Ordering party plans to order max. two (2) TMT10plexes analyses (ordering both analyses at the same time or separate analyses of the two TMT10plexes in time i.e. the second analysis ordering up to 6 months from receiving the results of the first analysis).
The Ordering party reserves the right to order only one (1) TMT10plex analysis.

The cost of the service includes all costs associated with the performance of the service being the subject of the contract, including the cost of reagents, consumables, equipment, salaries, supplies, and preparation of reports, transfer of intellectual property rights to the results of the experiments to the Ordering, permits/ licenses required to perform the service.